Pues justo en esa ventana de datos de inventario.
Abajo en el grid de almacenes, tienes las cuentas que usará a nivel de artículo.
Para que puedas verlas, tienes que pulsar el botón de parametrizaciones formulario y habilitar las columnas relevantes para poder hacerlo.
Si estas haciendo una factura de compra de tipo servicios asignas directamente la cuenta contable en la que quieres contabilizar ese documento. No entiendo que requerimiento es el que no te deja hacer una factura de servicios.
En el caso de factura de artículos, igual, en la factura, te traerá la cuenta del artículo o grupo, pero con el botón de parametrizaciones formulario, puedes hacer la columna visible y modificable.